さくらインターネットで、MySQLを使うときに気をつけたいこと

スタンダードプランだとInnoDBストレージがが使えない。

これにはちょっと驚いたけど、FAQに書いてありました。
http://faq.sakura.ad.jp/faq/1032/app/servlet/qadoc?000526

MyISAMだとテーブルロックなので、更新と参照のバランスよっては
問題になる可能性がありますね。
あらかじめ設計時に気をつけたいポイントです。